Luonnollisessa käsittelymenetelmässä kerätyt kahvimarjat levitetään sellaisinaan hedelmälihan kanssa aurinkoon kuivumaan. Pavut levitetään yleensä bambusta tai verkosta valmistetuille hengittäville pöydille, betonisille kentille tai vaihtoehtoisesti käytetään mekaanisia kuivureita. Papujen kuivuminen kestää noin kolme viikkoa ja tänä aikana niitä käännellään jatkuvasti, jotta kuivuminen on tasaista. Riski alimmaisten papujen käymiselle ja pilaantumiselle on suuri, jos kääntely keskeytetään. Pavut pitää myös suojata yöksi, jotta kondensoituva kosteus ei pääse pilaamaan niitä. Pienikin joukkoon eksynyt kosteus voi pilata koko erän. Natural-menetelmää käytetäänkin pääasiassa Afrikassa ja Brasiliassa, missä ilmasto-olosuhteet ovat kuivana kautena erittäin kuivat.

Natural-kahvit ovat parhaimmillaan erittäin hienoja ja rikkaan makuisia. Suutuntumaltaan ne ovat paksuja ja painavia. Maun puolesta natural-kahveihin kehittyy suklaisia ja pähkinäisiä tai moniulotteisia ja villejä hedelmäisiä ja marjaisia ominaisuuksia enemmän kuin saman kahvin pestyihin papuihin. Papuun imeytyy kuivauksen aikana sokereita hedelmälihasta, jolloin siihen jää enemmän mineraaleja ja makua tuottavia liukenevia yhdisteitä.

Pesumenetelmä on natural-menetelmää nykyaikaisempi ja koneellisempi. Riski kuivattavan kahvierän pilaantumiseen on tässä menetelmässä huomattavasti pienempi. Pesukäsittelyssä käytetään paljon vettä ja tarvitaan enemmän koneita. Jos ilmasto-olosuhteet ovat kosteat, pesu on kuitenkin ainoa tapa varmistaa lopullisen tuotteen laadukkuus. 

Pesukäsittelyssä kahvimarjasta poistetaan ensin hedelmäliha pulpperilla, joka muistuttaa rumpumaista myllyä. Hedelmälihan poiston jälkeen kahvipavun pinnalle jää pergamenttikalvo, joka saattaa alkaa käymään tai keräämään ei-toivottuja mikrobeja. Tämän takia pavut jätetään vesitankkeihin fermentoitumaan 1-3 vuorokaudeksi. Tankeissa entsyymit hajottavat pergamenttikalvoa ja hiivat pilkkovat sokereita, minkä ansiosta pavun suojakuori heikkenee. Fermentoinnin jälkeen pavut pestään vedellä täytetyissä kanavissa, jotka huuhtovat huonot pavut ja epäpuhtaudet pois. Papujen kuivaus tapahtuu joko kuivauspöydillä tai kuivauskoneilla. Pergamenttikalvo ja alempi hopeaketto poistetaan vielä kuivamyllyissä ennen varastointia. 

Kuivakäsittelyn ja pesemisen parhaat puolet yhdistyvät puoliksi pestyssä eli pulped natural -menetelmässä. Menetelmää käytetään erityisesti Brasiliassa, mutta myös Aasiassa ja Väli-Amerikassa. Menetelmässä toimitaan aluksi samalla tavalla kuin pesukäsittelyssä, eli hedelmäliha poistetaan pulpperilla. Kuivattamisen ajaksi pavun ympärille jätetään kuitenkin pergamenttikalvo ja joskus myös osia hedelmälihasta. Riski pilaantumiseen on tästä syystä korkeampi kuin pesumenetelmässä, ja sen takia kuivatukseen käytetään monesti koneellisia kuivureita. Lopuksi uloimpien kerrosten jäännökset poistetaan pavun pinnalta kuivamyllyssä.

Pulped natural kahvissa pergamenttikalvosta ja hedelmälihan osista imeytyy papuun kuivatuksen aikana sokereita, kuten natural-kahvissa. Makumaailmaltaan se asettuu luonnollisesti käsitellyn ja pestyn kahvin väliin. Suutuntuma on melko painava, mutta maultaan se on puhtaampaa kuin natural-kahvi.